明朝政府的中央官制
明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿袭汉唐旧制。后来随着明太祖统治力量的逐步加强，才定出自己的一套新制度。据《明太祖实录》卷239载，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖御奉天殿，敕谕文武群臣说：
自古三公论道，六卿分职。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下事务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。
这套制度既不是复古也不完全是创新。然而，经过时间的演变，明中期的制度，与初期却大有差别。
一、三公三孤
明代中枢政务机构初期有三公（太师、太傅、太保）、三孤（少师、少傅、少保）。元代仅置三公，未有三孤。惠帝、成祖时，曾一度废公、孤官，至仁宗时复置。《明会要·职官一》引《弇山集》说：
建文、永乐间，罢公、孤官，仁宗即位，授张辅太师、沐晟太傅、陈懋太保；蹇义进少师、杨士奇进少傅、夏原吉进少保。于是公、孤立官备。
公、孤为皇帝之辅佐官，职位崇高。蹇义、夏原吉、杨士奇、杨荣四人在宣宗时犹受恩宠。《昭代典则》载明宣宗赐玺书说：
古者，师保之职，论道经邦，不烦以政。少师义、少傅士奇、少保原吉、太子少傅荣，皆祖宗遗老，畀辅朕躬。今黄发危齿，尚令典烦剧，兼有司之事，非所以优之也。其辍所务，朝夕在朕左右，讨论治理，共宁邦家。其勋阶爵禄并如故。
自蹇义等以后，公、孤立官无专授，实际上是一种虚衔。中期以后，成为勋戚及文武大臣之加官、赠官。而文臣无生加三公之例，惟死后赠之。万历年间，张居正为太师，实掌朝政，这是特例。
二、废中书设内阁
明代初年，在中央设立中书省，有左右丞相总理吏、户、礼、兵、刑、工六部事务。随后，朱元璋又对中央统治机构进行了改革。当时中书省大权掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他们作威作福，独断专横，“生杀黜陟”，不向皇帝奏明就直接执行。《明史·太祖纪》载，洪武十一年（公元1378年），朱元璋曾“命奏事毋关白（告知）中书省”。这显然是裁抑中书省权力的一个措施。但胡惟庸等人却不知收敛，反而变本加厉，组织党羽，在外招集军马，并派人勾结倭寇，又向蒙古贵族残余势力称臣，请兵为外应，阴谋武装政变。洪武十三年（公元1380年），朱元璋杀掉了胡惟庸等人，并废除中书省及丞相制，分中书省及丞相权力归属六部，相对提高六部职权和地位，由六部尚书直接对皇帝负责，《明太祖实录》卷129载：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既诛，上谕文武百官曰：“朕自临御以来，十有三年矣，中间图任大臣，期于辅弼，以臻至治。故立中书省以总天下之文治，都督府以统天下之兵政，御史台以振朝廷之纪纲。岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸期之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷……赖神发其奸，皆就殄灭。朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置“四辅官”，以协赞政事，均调四时。《通纪》载：
九月丙午，置四辅官，以耆儒王本、杜佑、袭敩为春官，杜敩、赵民望、吴源为夏官，秋、冬官缺，以本等摄之，位列都督之次。敕以协赞政事，均调四时。月分三旬，人各司之。以雨旸时若，验其称职与否。
不久废去四辅官，并于洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，设内阁于殿廷，以大学士担任顾问兼秘书的职务。《昭代典则》说：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大学士，以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，典籍吴沈为东阁大学士，使侍左右备顾问。又置文华殿大学士，召耆儒鲍恂、余诠、张长年等为之，以辅导太子。
本来，内阁既非官署官，也非职官名。开始只是简任文臣入直文渊阁，参与机务。这些人原官的品秩低，不兼部务，也无官属，不能直接指挥行政，与东汉的尚书、唐代的翰林学士性质略同。久而久之，这些人逐渐升迁，并有了正式的办事处所，大学士本身品秩只有五品，但其所迁任的官往往以至尚书、侍郎，或有加衔至于“三公”者。这样，内阁的地位才逐渐提高。明成祖以后，大学士开始参预机务。《词林典故》说：
永乐初，命编修等官，于文渊阁参预机务，谓之内阁，渐升大学士诸职。仁宗或加师、保及尚书、侍郎、卿，仍兼学士、大学士衔。自后因之，称内阁大学士。凡大学士加三师，则为一品；加尚书，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大学士者，则仍正五品。
仁宗以后，阁臣之权加重，至世宗嘉靖年间（公元1522—1566年），改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，大学士的班次列在六部尚书之上。这时，内阁就类似于唐代的中书门下省了。唐代中书门下省官员互称阁老，明代大学士一般也称阁老。内阁大学士虽然表面位尊而权重，但是独立发挥其权力的机会却甚少，因其内受制于宦官，外则用人之权集中于吏、兵两部。《明史·职官志》说：
至世宗中叶，夏言、严嵩迭用事，遂赫然为真宰相，压制六卿矣。然内阁之拟票，不得不取决于内监之批红，而相权转归之寺人。于是朝廷之纪纲，贤士大夫之进退，悉颠倒于其手。
由此可见，若以明代的内阁大学士具有宰相的权力，那是不恰当的。
三、六部
明代中枢六部初置于洪武元年，各部设尚书、侍郎、郎中，员外郎、主事等官，隶中书省统辖，分理国家诸事，其职至重。《昭代典则》说：
洪武元年（公元1368年）八月丁丑，始置吏、户、礼、兵、刑、工六部，设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事，仍隶中书省。帝（太祖）召六部尚书入见奉天殿，谕曰：“朕肇基江左，军务方殷，官制未备。今以卿等分任六部。国家之事，总之者中书，分理者六部，至为要职。凡诸政务，宜悉心经理，或有乖违，患及天下，不可不慎。
洪武五年（公元1372年）定六部具体职掌，并于岁终进行考绩，分其优劣，以行黜陟。六部官员相对稳定，不得轻易调动，凡有劳绩者，则在本部升用。自洪武十三年（公元1380年）罢中书省后，即升六部品秩：尚书为正二品（建文中曾一度提为正一品，永乐时复旧），侍郎正三品，郎中正五品，员外郎从五品，主事正六品。[!--empirenews.page--]
六部尚书、侍郎都是堂官，由皇帝直接领导，其中吏部尤为重要，因为官吏的除授都必须经过吏部。明朝的首任吏部尚书为滕毅，樊鲁璞、汪河分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），吏部分三个属部，即总部，司勋部，考功部；十三年（公元1380年），增司封。二十二年（公元1389年）改总部为选部。二十九年（公元1396年），改定文选、验封、稽勋、考功四个清吏司。每司设郎中、员外郎、主事各一人。
首任户部尚书为杨思义。刘诚、杭琪分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），户部分设五科，即一科、二科、三科、四科、总科。每科设郎中、员外郎各2人，主事5人。十三年（公元1380年），分四个属部，即总部、度支部、金部、仓部。洪武二十二年（公元1389年），改总部为民部，次年，又分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，每部仍分民、度、金、仓四科。二十九年（公元1396年），改十二部为十二清吏司，各设郎中1人，员外郎1人，主事2人。永乐元年（公元1403年），改北平司为北京司。永乐十八年（公元1420年）。废北京司，设云南、贵州、交址三个清吏司，宣德十年（公元1435年），罢交址司，定为十三司。户部十三司，自明孝宗弘治以来，以公署不大，只留郎中1人治事。员外郎、主事只能在授官之日出席而已，实际都只挂名。郎中一人无法管事，只好委任基层吏胥，以致弊端百出。至神宗万历时，王国光任户部尚书，始令每司吏员尽入署治事，司中职业才得修举。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。
礼部首任尚书为钱用壬、侍郎为世家宝。洪武六年（公元1373年）分四属部，即总部、祠部、膳部、主客部。洪武十三年（公元1380年），定每属部设郎中、员外郎、主事各1人。二十二年（公元1389年），改总部为仪部。二十九年（公元1396年），改为仪制、祠祭、精膳、主客四个清吏司，另辖铸印局，局设大使1人，副使2人。
兵部的首任尚书为陈亮，侍郎为朱珍。洪武六年，分三个属部，即总部、驾部、职方部。洪武十三年再增库部，二十二年改总部为司马部。二十九年改为武选、职方、车驾、武库四司。每司设郎中、员外郎各1人，主事2人。另辖会同馆，大通关等机构，各设大使和副使。
刑部的首任尚书为周桢，侍郎为盛元辅，张仁。明太祖即位初期，用法太严，周桢任尚书时，始定律令，使吏士有法循守。洪武六年（公元1373年），刑部分为四个属部，即总部、比部、都官部、司门部。八年（公元1375年），增设四科，分属于四部。部设郎中、员外郎各1人。总部、比部主事各4人，都官，司门主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改总部为宪部，二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改为十二清吏司，设郎中、员外郎各1人，主事2人，永乐十八年（公元1420年）除北平司，增置云南、贵州、交址三司。宣德十年（公元1435年）革交址司，遂定为十三个清吏司。
工部的首任尚书为单安仁，侍郎为张允文和杨翼。洪武六年，分四个属部，即总部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部为屯部。二十二年，改总部为营部。二十九年，定为营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司。设郎中、员外郎、立事各1人，另辖宝源局、军器局等。
永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
明代六部所属各清吏司之郎中、员外郎、主事等司官，皆为实际任职之人，所以颇能上下其手，招降纳贿。
明代六部尚书往往不拘定额，可以添差，故有道士而任礼部尚书，工头而任工部尚书的现象。
四、都察院
明代初年，沿元旧制，设御史台，洪武十三年（公元1380年）五月罢御史台。十五年改置都察院。这个机构为明代所创设的，与前代御史台之制不甚相同。都察院设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史及浙江、江西、福建、四川、陕西、云南、河南、广西、广东、山西、山东、湖广、贵州等十三道监察御史共110人。都御史为台长，与六部平行，合称七卿。都御史之职，据《明史·职官志二》说：
都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾。遇期觐，考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。可见明代都御史的权力很大，凡官吏之考察黜陟则会同吏部、重大刑狱则会同刑部与大理院。其他各官署则分属十三道监察御史稽察。监察御史充任的职务，远比前代繁重。据《明史·职官志二》所载：
在内两京刷卷，巡视京营、监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城、轮值登闻鼓。在外巡按（北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人），清军，提督学校（两京各一人，万历末南京增设一人）。巡盐（两淮一人，两浙一人，长芦一人，河东一人），茶马（陕西）、巡漕、巡关、儹运、印马、屯田。师行则监军纪功，各以其事专监察。而巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。
御史权重如此，所以选授也极慎重，自永乐八年（公元1410年）以后，规定御史必从进士及监生中有学识并通达治体者选任。《明会要·职官五》引《三编》载：
永乐七年（公元1409年），召御史张循理等二十八人至，问其出身，皆由进士及监生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人虽不专一途，然御史为朝廷耳目之寄，宜用有学识通达治体者。”黜秉等为序班。诏：“自今勿复用吏。”明年冬，申谕吏部，着为令。
御史之权既重，然处事若有差失，惩办也极严厉。据《世法录》记载，洪武十五年（公元1382年）五月，御史雷励误把良民判为徒罪。明太祖查获其事，责之曰：“朝廷能使顽恶慑伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民无所守。尔为御史，执法不平，何以激浊扬清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪论决，可以再生乎？”并命法司论雷励之罪，以示警戒。就连书写失误，也被认为不称职而一例治罪。据《梦余录》记载，宣德间，御史谢瑶在荐举文牍上误书被荐者姓氏，奏书上呈后，又自陈改正。宣宗谓吏部曰：“古人奏牍皆存敬慎，石庆书‘马’字缺点，惧及死。今荐贤不知其姓，岂能知其才？轻率如此，岂称御史之职？”便把谢瑶贬为交址大蛮县知县。宣德十年（公元1435年），宣宗又特谕都察院：“朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛，令吏部：今后，初仕者不许铨除风宪。凡监察御史有缺，令都察院堂上及各道官保举，务要开具实行，移咨吏部，审察不谬，然后奏除。其后有犯赃及不称职，举者同罪”。可见有明一代，对御史官的选授和督察是甚为严格的。[!--empirenews.page--]
五、通政使司
元代有四方献言详定司，后又置通政院，其职掌不相同。明代于洪武三年（公元1370年）三月，置察言司，以王文卿、原本两人为司令，掌受四方章奏，旋罢。洪武十年（公元1377年）七月，置通政司，设通政使1人，正三品；左、右通政各1人，正四品；誊黄右通政1人，正四品；左、右通议各1人，正五品。其属官有经历司经历1人，正七品；知事1人，正八品。《明史·职官志二》载：
通政使掌受内外章疏、敷奏、封驳之事。凡四方陈情建言，申诉冤滞，或告不法等事，于底簿内誊写诉告缘由，■状奏闻。凡天下臣民实封入递，即于公厅启视，节写副本，然后奏闻。即五军、六部、都察院等衙门，有事关机密重大者，其入奏仍用本司印信。凡诸司公文，勘合辨验允当，编号注写，公文用“日照之记”，勘合用“验正之记”关防之。凡在外之题本、奏本，在京之奏本，并受之，于早朝汇而进之。有径自封进者则参驳。午朝则引奏臣民之言事者，有机密则不时入奏。有违误则籍而汇请。凡抄发，照驳诸司公移及勘合，讼牒，勾提件数，给繇人员，月终类奏，岁终通奏。凡议大政、大狱及会推文、武大臣，必参预。
洪武十年（公元1377年），以曾秉正为首任通政使，刘仁为左通政使。上任之时明太祖晓谕说：“政犹水也，欲其常通，故以‘通政’名官。卿其审命令以正百司，达幽隐以通庶务。当执奏者勿忌避，当驳正者勿阿随，当敷陈者毋隐蔽，当引见者毋留难”。可见明太祖对这个机构是相当重视的。
通政使司是明代创设的，其职能似乎有类于南北朝的通事舍人、唐代的知匦使、宋代的合门使及通进银台司等机构之合并。在理论上是君主和臣下之间的一个联系机关，任何官署上奏事件都必须经由其手，所以居七卿之下的最高位次，有资格参预“廷推”。据《梦馀录》记载，通政司门下有一红牌，书云“奏事使”。持此牌可以直入内府，守卫官不得阻拦，这给通政使奏事提供了方便，下情能及时上达。通政司出纳王命，为朝廷之喉舌，其封奏皆自御前开拆，故奸臣有事即露，无幸免者。天顺（公元1457—1464年）以后，其作用虽稍减弱，但也为权奸所警戒。据《明史·严嵩传》载，嘉靖中，赵文华与严嵩结为父子，严嵩念“己过恶多，得私人在通政，劾疏至，可豫为计”。故以文华为通政使，及明中、晚期，通政司实际已被奸党所控制，通达下情之意，荡然无存了。清代君主直接受理奏章，通政使即变成闲曹，而其品秩却依然如旧。
六、大理寺
大理寺，洪武十四年（公元1381年）置，命李仕鲁为首任大理寺卿，正五品。置左右少卿，从五品；左右寺丞，正六品。十九年（公元1386年）置审刑司，共平庶狱。凡是大理寺所理之刑狱，审刑司均复详议之。为加强大理寺的权力，洪武二十二年（公元1389年），升大理寺卿为正三品，少卿正四品，丞正五品。可见明太祖对这个执法机关是很重视的，据《明代典则》记载，洪武二十四年（公元1391年）六月，太祖把大理寺丞周志清提为卿，并说：“大理之卿，即古之廷尉，历代任斯职者，独汉称张释之、于定国，唐称戴胄。盖由其处心公正，议法平恕，狱以无冤，故流芳后世。今命尔为大理寺卿，当推情定法，毋为深文，务求明允，使刑必当罪。庶几可方古人，不负命也”。大理寺所掌为“审谳平反刑狱之政令”。要做到“推情定法”，“刑必当罪”，使“狱以无冤”是很不容易的。所以大理寺官员选任之当否是非常重要的，据《梦余录》记载，宣德时，吏部尚书蹇义特为此事向宣宗上疏说：
刑部都察院职典刑名，而大理寺尤专详谳。居是职者，必得其人。其官属，宜从堂上官精加考■，庸劣不称者黜之，贪婪苛刻者罪之，其有作奸犯科者，责令互相纠举。违者，一体论罪。
蹇义奏疏所提出的原则实际上是无法实行的，尤其是明中期以后，大理寺之权竟落入“庸劣不称者”之手。以至刑狱不清，冤案四出。所以，嘉靖六年（公元1527年），黄绾又上疏世宗：
法司所以理刑名，至于大理寺职司参驳，关系尤重。凡任两寺官，非精律例，见出原问官之上，何以评其轻重，服其心乎？近见两寺官，有初入仕途，律之名例尚未通晓，即欲断按庶狱，未免有差。原问官因得指摘罅漏，借为口实，至于参驳。本寺亦不降心，辄逞雄辩，往复数次，淹累囚众，至不得已，将就允行。刑狱不清，职此之故1。
由于用人不当，庸劣当权，不精律例，偏执己见，因而拷掠成狱，“捶死狱中”，论罪不当，“重囚称冤”者往往有之。但明代也有一些大理寺卿能公平理狱，执法不阿。如《明史·虞谦传》记载仁宗时，虞谦为大理寺卿、吕升为少卿，能“悉心奏当，凡法司及四方所上狱，谦等再四参复，必求其平，尝语人曰：‘彼无憾，斯我无憾矣’。”又《明史·马森传》载，马森为大理卿，屡驳疑狱，与刑部尚书郑晓、都御史周廷称为“三平”。但大理寺卿有时也受到权臣的制约，不能公正治狱，《明史·王用汲传》载，万历时，王用汲为大理少卿，遇法司议胡槚、龙宗武杀吴仕期案，定胡、龙二案犯谪戍。用汲认为量刑不公，驳奏曰：“按律：刑部及大小官吏不依法律，听从上司主使出入人罪者，罪如之。盖谓如上文‘罪斩，妻子为奴，财产入官’之律也。仕期之死，槚非主使者乎？宗武非听上司主使者乎？今仅谪戍，不知所遵何律也？”神宗欲从用汲之言，可是阁臣申时行等则认为仕期自毙，宜减等。这个依法本该判处死刑的案犯，就以谪戍从轻发落，可见在封建社会，正直的刑官往往不能维护法律尊严的。
明代的大理寺与刑部、都察院合称为“三法司”，国家的重大案件，常由“三法司”会审。但是中期以后，大理寺执法之权被夺，实际上只能核阅案卷而已。
七、詹事府
洪武初年，置大本堂以藏古今图籍，召四方名儒训导太子、亲王。不久，太子居于文华堂，诸儒轮班侍从，又选才俊之士入充伴读。当时，东宫官属除了太子少师、少傅、少保、宾客以外，还有左右詹事、同知詹事院事、副詹事、詹事丞、左右率府使、同知左右率府事、左右率府副使、谕德、赞善大夫，都以勋旧大臣兼领其职。又有文学、中舍、正字、侍正、洗马、庶子及赞读等官。洪武十五年（公元1382年），改定左、右春坊官，各置庶子、谕德、中允、赞善、司直郎，又各设大学士。随即又定司经局官，设洗马、校书、正字。二十二年（公元1389年），因属官太多而无所统率，才设詹事院以总之。二十五年（公元1392年）改名詹事府，置詹事1人（正三品），少詹事2人（正四品），府丞2人（正六品）。主簿厅主簿1人（从七品），录事2人（正九品），通事舍人2人。左春坊：职官有大学士（正五品）、左庶子（正五品）、左谕德（从五品）各1人，左中允（正六品）、左赞善（从六品）、左司直郎（从六品，后不常设）各2人，左清纪郎1人（从八品，不常设），左司谏2人（从九品，不常设）。右春坊的官员设置如在春坊。司经局：设有洗马1人（从五品）、校书（正九品）、正字（从九品）各2人。[!--empirenews.page--]
詹事掌统府、坊、局之政事，以辅导太子。少詹事为詹事之副贰。明太祖对太子的教育很重视，既不随便付之以重任，又特设一套较前代完备的东宫官，以训导太子。《明会要·职官七》引《明通纪》：
洪武元年（公元1368年）正月，中书及都督府议，仿元旧制设中书令，欲奏以太子为之。帝曰：“取法于古，必择其善者而从之。元人事不师古，设官不以任贤，惟其类是与，岂可取法？且吾子年未长，学未充，更事未多，所宜尊礼师傅，讲习经传，博通古今，识达机宜。他日军国重务，皆令启闻，何必效彼作中书令乎？”乃令詹同考东宫官，设少师、少傅、少保、詹事、率府使、谕德、赞善，宾客等官。
这表现了明太祖的卓见远识，詹事府官员对太子的影响最为直接，所以明太祖慎择其人，常以勋旧大臣兼领其职。据《明史·唐铎传》记载，初置詹事院，太祖对吏部说：“辅导太子，必择端重之士。三代保、傅，礼甚尊严。兵部尚书唐铎谨厚有德量，以为詹事，食尚书俸如故。”以后，凡东宫官缺，则命廷臣推举孝义笃行之京官兼任。英宗天顺（公元1457—1464年）以前，或尚书、侍郎、都御史兼任。宪宗成化（公元1465—1487年）以后，例以礼部尚书、侍郎由翰林出身者兼掌之，明太祖规定宫官由廷臣兼领，其谋虑是很深远的。据《洪武圣政记》载：
洪武三年（公元1370年）十二月，礼部尚书陶凯请选人专任东宫官属，罢兼领之职，庶于辅导有所责成。帝曰：“古者不备其官，惟贤能是用。朕以廷臣有才望勋德者，兼东宫官，非无谓也，尝虑廷臣与东宫官属有不相能，遂成嫌隙，或生奸谋，离间骨月（肉），其祸非细。若江充之事，可为明鉴。朕今立法，令省台都督府官兼东宫赞辅之职，父子一体，君臣一心，庶几无相构患”。
这说明了明太祖规定“兼领”之制是接受了西汉巫蛊之祸的教训。宫官“兼领”就可预防廷臣与宫官相构，而生奸谋，“离间骨肉”。这是明太祖调节宫廷内部矛盾的重要措施。
通事舍人掌东宫朝谒及辞见之礼。“凡廷臣朝贺，进笺进春、进历于太子，则引入而举案”。春坊大学士执掌太子向皇上奏请及讲读之事。洗马掌经史子集、制典、图书刊辑之事。凡天下图册上东宫者，皆受而藏之。校书、正字为洗马之佐，掌缮写装潢并校正典籍之讹谬。
明中期以后，詹事府成为翰林官迁转之阶，太子出阁的讲读之事都由其他官员充任，名实已不相符了。
八、翰林院
吴元年（公元1363年）五月，初置翰林国史院，设学士（正三品），侍讲学士（从四品），直学士（正五品），修撰，典簿（正七品），编修（正八品）。洪武元年（公元1368年），改名翰林院。洪武二年，置学士承旨，正三品，改学士为从三品，并增设待制（从五品），应奉（正七品），典籍（从八品）等官。洪武十三年（公元1380年）增设检阅（从九品）。洪武十四年，降翰林学士为正五品，并革除学士承旨、直学士、待制、应奉等官。明初，翰林院官员都是荐举而入，而不从进士中选任。所以，洪武四年（公元1371年）开科，状元吴伯宗只授员外郎，榜眼、探花仅授主事而已。至十八年（公元1385年），更定翰林品员，定进士一甲授修撰，二甲以下授编修、检讨，其品秩自学士五品以下至七品不等。据《明史·选举志》载，这年廷试后，一甲进士丁显等授翰林院修撰，二甲马京等为编修，吴文为检讨。进士入翰林就是从这一年开始。此后，明太祖对翰林院的政治作用逐渐注意，据《明史·戴德彝传》载，洪武二十七年（公元1394年），戴德彝为翰林院侍讲，太祖对他说：“翰林虽职文学，然既列禁近，凡国家政冶得失，民生利害，当知无不言。昔唐陆贽、崔群、李绛在翰林，皆能正言谠论，补益当时，汝宜以古人自期”。
惠帝建文初年，复置学士承旨，改侍讲、侍读两学士为文学博士，以方孝孺任之，参预机务，并置文翰、文史二馆。以文翰馆居侍讲，侍读，侍书，五经博士；文史馆居修撰，编修，检讨。永乐二年（公元1404年），授一甲3人为翰林修撰、编修，再于二甲选文学优等者杨相等50人及善书者汤流等10人为庶吉士。从此以后，庶吉士便成为翰林之专官。
明代翰林院官员具有两重意义：其一，作为参预机务的内阁成员。内阁成员称大学士，因而内阁与翰林院为一而二，二而一的机构，这是清制只有翰林出身者才能入阁的由来。自明宪宗成化（公元1465——1487年）以后，不但内阁，就连六部长官也有定例以翰林官充任的。据《明史·职官志二》载：“其在六部，自成化时，周洪谟以后，礼部尚书、侍郎必由翰林，吏部两侍郎必有一由于翰林。其由翰林者，尚书则兼学士（六部皆然），侍郎则兼侍读、侍讲学士。其在詹事府暨坊、局官，视其品级，必带本院衔（詹事，少詹事带学士衔，庶子，谕德，中允，赞善则带侍讲、侍读学士以至于编修、检讨等衔）”。其二，明代的翰林院包括前代的秘书监、史馆、着作局、起居郎、舍人等职；因此，这些官名均已废除。事实上连这些官的职务也废除了，有时不过作为装点门面而已。
明代的翰林学士掌制诰、史册、文翰之事，以考议制度，详正文书，备天子顾问，其职位颇为清要。《明史·职官志二》说：“大政事、大典礼，集诸臣会议，则与诸司参决其可否，车驾幸太学听讲，凡郊祀、庆成诸宴，则学士侍坐于四品京卿上”。因其常在帝侧，“备天子顾问”，颇能左右朝政，也可干预官吏的黜陟，所以特受尊崇，虽品列第五，侍坐则在四品京官以上。侍读、侍讲掌讲读经史。
此外，国子监也与翰林院相接近。置祭酒1人（从四品），司业1人（正六品）。其下设绳愆厅，以监丞1人（正八品）掌执学规；博士厅，有《五经》博士5人（从八品）分经讲授，助教15人（从八品），学正10人（正九品），分率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂为士子肆业之所，这是明代所特设的；典簿厅，有典簿1人（从八品）；典籍厅，有典籍1人（从九品；掌馔厅，设掌馔2人（未入品）。
九、宦官机构
明代初年，对宦官的限制非常严格，据《昭代典则》记载，洪武二年（公元1369年）八月，在确定内侍官制时，太祖诏谕吏部说：
朕观《周礼》，阍寺不及百人，后世多至数千，卒为大患。今虽未能复古，亦当为防微之计。此辈所事，不过供洒扫，给使令而已。若求善良，百无一二。用为耳目，即耳目蔽；用为心腹，即心腹病。驭之之道，但当使之畏法，不可使之有功。有功则骄恣畏法则检束，自不为非也。可见明太祖对宦官祸害的认识是很深刻的。洪武六年（公元1373年）十一月，特命延臣考究前代纠劾内官的办法。礼部议置内正司，设司正、司副各一人，专门纠察内官失仪及不法的行为。据《明会要·职官十一》引《明政统宗》载，洪武十年（公元1377年）五月，有一个内侍官因在内廷时间较久，偶而言及政事，当即被太祖斥遣归还乡里，并令终身不得叙用。又对诸臣说：[!--empirenews.page--]
此辈日在左右，其小忠小信，足以固结君心。及其久也，假窃威权，以干政事，遂至于不可抑。自古以此辈乱者多矣。今立法不许寺人干预朝政，决去之，所以惩将来也随后规定内臣不许读书识字。洪武十七年（公元1384年），特铸一个铁牌，上刻文字：“内臣不得干预政事，犯者斩。”置于宫门之中。又敕令诸司，不得与内官监文移往来。自古以来，对宦官之禁，未有如明太祖之周备。当时有个御用监名叫杜安道，以镊工侍太祖数十年，朝中许多机密计议他都知道，但他个性慎密，严遵太祖的禁令，在诸大臣面前仅一揖而退，从不启口泄漏机密。太祖对他很宠爱，但不给予优遇，后来迁出为光禄寺卿。
洪武末，太祖重新整顿宦官机构，定十二监及各司局，并制定宦官的品秩和待遇。《明史·宦官传序》说：
明太祖既定江左，鉴前代之失，置宦官不及百人。迨末年颁《祖训》，乃定为十有二监及各司局，稍称备员矣。然定制，不得兼外臣文武衔，不得御外臣冠服，官无过四品，月米一石，衣食于内庭。
后来宦官设置不断增多，《明史·职官志三》说：“宦官……十二监、四司、八局，所谓二十四衙门也。”其机构之庞大，为历代所无。因各监、司、局官称职掌繁杂，特制二十四衙门官制之简表以说明。
此外又有内府供应库，设掌印太监1员，掌宫内及山陵等处内官食米及御用黄蜡、白蜡，沉香等。凡油蜡各库均属之；司钥库，设掌印太监1员，掌大内库藏，凡金银及诸宝货总隶之；十库：甲字，掌贮银朱，黄丹，乌梅，藤黄，水银诸物。乙字，掌贮奏本等纸。丙字，掌贮丝绵，布匹。丁字，掌贮生漆，桐油等物。戊字，掌贮所解弓箭，盔甲等物。承运，掌贮黄白生绢。广盈，掌贮纱罗诸帛匹。广惠，掌造贮巾帕，梳笼、刷抿、钱贯、钞锭之类。赃罚，掌没入官物；御酒房，设提督太监1员，掌造御用酒；御药房，设提督太监正、副2员，掌御用药饵，与太医院官相表里；御茶房，设提督太监正、副2员，职司供奉茶酒、瓜果及进御膳；牲口房，设提督太监1员，掌收养异兽珍禽；刻漏房，设掌房1员，掌管每日时刻，每一时即令直殿监官入宫换牌，夜报刻漏，更鼓房，有罪内官职司之；甜食房，设掌房1员，掌造办虎眼，窝丝等糖及诸甜食（隶御用监）；弹子房，设掌房1员，专备泥弹；灵台，设掌印太监1员，掌观星气云物，测候灾祥；绦作，设掌作1员，掌造各色兜罗绒及诸绦绶（隶御用监）；盔甲厂（即旧鞍辔局），掌造军器；安民厂（旧名王恭厂），设掌厂太监1员，掌造铳炮、火药之类。又午门，东华门，西华门，奉天门，玄武门，左、右顺门，左、右红门，皇宫门，坤宁门，宫左、右门以及东宫春和门，后门，左、右门，皇城、京城内外诸门等，各设门正1员，司晨昏启闭，关防出入。还有提督东厂，设掌印太监1员，掌刺缉刑狱之事。旧选各监中一人提督，后专用司礼监之秉笔第二人或第三人为之。其贴刑官，则用锦衣卫千百户为之。提督西厂（不常设），提督东营（代宗景泰元年〔公元1452年〕始置）；文书房，设掌房10员，掌收通政司每日封进本章，及各藩所上封本，其在外之阁票，在内之搭票，一应圣谕旨意御批，俱由文书房落底簿发，凡升司礼者，必由文书房出；礼仪房，设提督太监1员，掌一应选婚、选驸马以及皇太子女诞生，选择乳妇诸吉礼；中书房，设掌房1员，掌管文华殿中书所写书籍、对联、扇柄等件，承旨发写，完日奏进；御前近侍，包括乾清宫管事，打卯牌子，御前牌子，煖殿，管柜子，赞礼，答应长随，当差听事，拏马，尚冠、尚衣、尚履等，皆属近侍；南京守备，设正、副守备太监各1员，关防一颗，护卫留都，为司礼监之外差；天寿山守备，设太监1员，辖各陵守陵太监，职司护卫；湖广承天府守备，设太监1员，辖承德、荆、襄地方，护卫兴宁；织造，南京，苏州，杭州各设提督太监1员，掌织造御用龙衣；镇守（镇守太监始建于洪熙，遍设于正统），各省各镇均有镇守太监，嘉靖八年后革。市舶，广东、福建、浙江三市舶司各设太监提督，后罢福建、浙江，惟存广东司；监督仓场，各仓各场俱设监督太监；诸陵神宫监，各陵俱设神宫监太监守陵。在外的临时差遣有监军、采办、粮税等等名目，不胜枚举。
建文帝嗣位，一遵祖训，对内臣的限制更加严格，据《明史·宦官传序》载，惠帝诏内臣“出外稍不法，许有司械闻”。成祖初临朝，也警惕宦官擅权，《明史·职官志三》载，他曾说：“联一遵太祖训，无御宝文书，即一军一民，中官不得擅调发。”当时有个宦官私自调用应天府工匠为其服役，事发后，成祖立即诏命锦衣卫逮捕治罪。但不久，这些禁令全部破坏了。《明史·职官志三》说：
顾中官四出，实始永乐时。元年（公元1403年），李兴等■敕劳暹罗国王，此奉使外国之始也。三年（公元1405年）命郑和等率兵二万，行赏西洋古里、满刺诸国，此将兵之始也。八年（公元1410年），敕王安等监都督谭青等军，马靖巡视甘肃，此监军、巡视之始也。
至洪熙元年（公元1425年），仁宗派遣郑和领下番官军守备南京。从此以后，宦官领兵之例便相沿不革。同时又派王安镇守甘肃，于是，各省镇皆相继派宦官为镇守。宣德四年（公元1429年）宣宗特于宫中设内书堂，命大学士陈山专授小内使书，从此，太祖不许内臣读书识字之制也被废除了，甚至特赐金英、范弘等宦官免死诏，这简直无异于勋臣之丹书铁券。从此，宦官威慑朝臣，权倾内外，例如英宗时之王振，宪宗时之汪直，武宗时之刘瑾，熹宗时之魏忠贤，更是作威作福，独擅朝政。至于神宗时之矿税使，简直无处不受其害。宦官不仅有权有势，仗势欺人，而且可以荫弟、荫侄、封伯、封公，所以一些利欲熏心之辈，皆争相自宫（自割其生殖器）以备其选。据沈德符《万历野获编补遗》记载，正德二年（公元1507年）九月，武宗曾严申自宫之禁，但有潜留京师者论死。由于当时宦官格外宠幸，愚民不受其禁，不少人阉其子孙以图富贵，有的一村中自宫者数百人。嘉靖、隆庆以后，自宫的人数越来越多。
宦官权势日张，操持国柄，为祸酷烈，终导致明朝灭亡。
十、在京的其他机构
明代的卿寺，如太常寺、光禄寺、大仆寺、鸿胪寺等建置皆如前代。只有尚宝司是增设的，其职掌据《明史·职官志三》说：
凡宝之用，必奏请而待发。每大朝会，本司官二员，以宝导驾，俟升座，各置宝于案，立待殿中。礼毕，捧宝分行，至中极殿，置案而出。驾出幸，则奉以从焉。岁终，移钦天监，择日和香物入水，洗宝于皇极门。籍奏一岁用宝之数。凡请宝、用宝、捧宝、随宝、洗宝、缴宝，皆与内官尚宝监俱。[!--empirenews.page--]
这些职务在古代只属于门下省的一小部分工作，而明代却特立机构，并以卿（正五品）、少卿（从五品）各1人为其主官。这个位置专与大臣、勋戚子弟而作为荣宠的。
特设而无专署的，有吏、户、礼、兵、刑、工六科都给事中（正七品），左、右给事中（从七品），掌侍从，规谏，补阙，拾遗，稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而颁之；若有失误，则封还执奏。凡内外所上章疏，分类抄出，参署付部，并驳正其违误。六科于乡试时充考试官，会试时充同考官，殿试时充受卷官。册封宗室，诸蕃或告谕外国时，则充正，副使、六科与御史同有言责，所以经常不免互有袒护而产生矛盾。习惯上以御史为台，以给事中为垣，台垣不相容是明代政局中的奇特现象。
中书科，有中书舍人20人（从七品），直文华殿东房中书舍人，直武英殿西房中书舍人，内阁诰敕房中书舍人，制敕房中书舍人（并从七品，无定员）。其名虽与古代之中书舍人相似，而实际职掌则不同。中书科舍人掌书写诰敕，制诏，银册，铁券等事。文华殿舍人，掌奉旨书写书籍。武英殿舍人，掌奉旨篆写册宝，图书，册页。内阁诰敕房舍人，掌书办文官诰敕，翻译敕书，并外国文书，揭帖，兵部纪功，勘合底簿。制敕房舍人，掌书办制敕，诏书，诰命，册表，宝文，玉牒，讲章，碑额，题奏，揭帖一应机密文书，以及各王府敕符底簿。总之，这些舍人实际任务只是照例书写诰敕而已，此外并没有什么重要职权。中书舍人建于永乐初年。《明史·职官志三》载：
洪武间，置承敕监，司文监，考功监，参掌给授诰敕之事。永乐初，命内阁学士典机务，诏册、制诰皆属之。而誊副、缮正皆中书舍人入办，事竣辄出。宣德初，始选能书者处于阁之西小门，谓之西制敕房。而诸学士掌诰敕者居阁东，具稿付中书缮进，谓之东诰敕房。正统后，学士不能视诰敕，内阁悉委于中书、序班、译字等官，于是内阁又有东诰敕房。
这就是内阁诰敕房及制敕房中书舍人的由来。若从其沿革看，似乎是古代中书舍人演变而降为低级。至于直文华殿东房，武英殿西房中书舍人，最初为内官之职，继而以中书分直，最后则选择能书者充任。其地位更为卑微，舍人大约有两方面，《明史·职官志三》说：
大约舍人有两途：由进士部选者，得迁科道部属，其直两殿，两房舍人，不必由部选，自甲科、监生、生儒、布衣能书者，俱可为之。不由科甲者，初授序班，及试中书舍人，不得迁科道部属，后虽加衔九列（卿），仍带衔办事。
中书舍人这一官，性质十分难辨，明代制度，富家子弟，尽管一无所能，但可用资捐得一中书舍人，再加一卿衔，便俨然成为高官显爵。如与唐、宋之舍人相较，则有天渊之别。沿至清代，虽不至如此之滥，而中书科中书（删去“舍人”二字）只以荫生，贡监补授，至于内阁中书，则几乎是非进士不可补。
明代又有行人司，洪武十三年（公元1380年）初置，设行人，秩正九品。左、右行人，从九品。不久，改行人为司正，左、右行人为左、右司副，另设行人345人。洪武二十七年（公元1394年），升司正为七品，左、右司副为从七品，行人为正八品，职专捧节，奉使之事。《明史·职官志三》载：
凡颁行诏赦，册封宗室，抚谕请蕃，征聘贤才，与夫赏赐，慰问，赈济，军旅，祭祀，咸叙差焉。每岁朝审，则行人持节传旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微册，批缴内府。最初多由孝廉充任行人，奉使常不称旨。后定行人司官40员，全在进士中选授。非奉旨不得随便派遣。从此，行人之职才受到重视。
十一、卫所和五军都督府
军队是国家政权的主要组成部分之一，因此，明初的统治者也特别注意对军队的管理和建设。朱元璋建立了卫所制度。《明史·兵志》云：“自京师达于郡县，皆立卫所”。在军事上重要的地方设卫，次要的地方设所。当时明朝约有军队二百万，都编置在卫所中，大抵每112人编为一个百户所，1，120人编为一个千户所，5，600人为一卫。卫所的军官称卫指挥、千户、百户。军户皆另立军籍，是世袭的。精锐的军队多驻在京师，朱元璋在南京一带设有48个卫，有军士20余万人，朱棣在北京设72个卫。
明代初年置行枢密院，太祖自领之。又置诸翼统军元帅府。不久，罢枢密院，改置大都督府，以朱文正为大都督，统领中外诸军事，下设司马、参军、经历、都事等官。明代定制，大都督府、大都督为从一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，从二品；副都督，正三品，佥都督，从三品；经历从五品，都事从七品，统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品。不久罢统军元帅府。洪武十三年（公元1380年），在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。洪武十五年（公元1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（公元1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。二十三年（公元1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。兵权始终掌握在皇帝手中，这是朱元璋从军事上加强和巩固皇权的重要措施。
在京各卫，称为京卫。京卫有上直卫，南京卫，北京卫，品秩相同。各有掌印、佥书。上直卫的亲军指挥使司有26个卫，即锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫（以上12卫，洪武中置），金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫（以上10卫，永乐中置）、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫（以上4卫，宣德八年置）。其中锦衣卫掌侍卫，缉捕，刑狱之事，常以勋戚都督领之，恩荫寄禄无常员。凡朝会，巡幸，则具卤簿仪仗，率领大汉将军（共1，507员）等侍从扈行。宿卫则分番入直。锦衣卫名为宿卫扈从，实则假侦事之权，以欺压平民及一般官员，最为专横跋扈，特异于其他各卫。[!--empirenews.page--]
留守5卫：旧为都镇抚司，总领禁卫，先属于中书省，后改隶大都督府，设都镇抚（从四品），副镇抚（从五品），知事（从八品）。旋即改称宿卫镇抚司，设宿卫镇抚，宿卫知事。洪武三年（公元1370年）改留守卫指挥使司，专领军马守御各城门，及巡警皇城与城垣造作之事。后升为留守都卫，统辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江阴、广洋、横海、龙江、水军左、右10卫。洪武八年（公元1375年），复为留守卫，与天策等8卫，俱为亲军指挥使司（惟水军左右卫为指挥使司）并隶大都督府。洪武十一（年公元1378年）改为留守中卫，增置留守左、右、前、后4卫，仍为亲军。洪武十三年（公元1380年）始分隶五都督府。
南京另有一套军职：
南京设守备1人，协同守备1人，参赞机务1人。守备，以公、侯、伯充任，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之，其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。
南京五都督府为：左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督充任。分掌南京卫所，以达于南京兵部。
南京卫指挥使司，王府护卫指挥使司：设官皆如北京卫司。
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自古三公论道，六卿分职。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下事务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。
这套制度既不是复古也不完全是创新。然而，经过时间的演变，明中期的制度，与初期却大有差别。
一、三公三孤
明代中枢政务机构初期有三公（太师、太傅、太保）、三孤（少师、少傅、少保）。元代仅置三公，未有三孤。惠帝、成祖时，曾一度废公、孤官，至仁宗时复置。《明会要·职官一》引《弇山集》说：
建文、永乐间，罢公、孤官，仁宗即位，授张辅太师、沐晟太傅、陈懋太保；蹇义进少师、杨士奇进少傅、夏原吉进少保。于是公、孤立官备。
公、孤为皇帝之辅佐官，职位崇高。蹇义、夏原吉、杨士奇、杨荣四人在宣宗时犹受恩宠。《昭代典则》载明宣宗赐玺书说：
古者，师保之职，论道经邦，不烦以政。少师义、少傅士奇、少保原吉、太子少傅荣，皆祖宗遗老，畀辅朕躬。今黄发危齿，尚令典烦剧，兼有司之事，非所以优之也。其辍所务，朝夕在朕左右，讨论治理，共宁邦家。其勋阶爵禄并如故。
自蹇义等以后，公、孤立官无专授，实际上是一种虚衔。中期以后，成为勋戚及文武大臣之加官、赠官。而文臣无生加三公之例，惟死后赠之。万历年间，张居正为太师，实掌朝政，这是特例。
二、废中书设内阁
明代初年，在中央设立中书省，有左右丞相总理吏、户、礼、兵、刑、工六部事务。随后，朱元璋又对中央统治机构进行了改革。当时中书省大权掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他们作威作福，独断专横，“生杀黜陟”，不向皇帝奏明就直接执行。《明史·太祖纪》载，洪武十一年（公元1378年），朱元璋曾“命奏事毋关白（告知）中书省”。这显然是裁抑中书省权力的一个措施。但胡惟庸等人却不知收敛，反而变本加厉，组织党羽，在外招集军马，并派人勾结倭寇，又向蒙古贵族残余势力称臣，请兵为外应，阴谋武装政变。洪武十三年（公元1380年），朱元璋杀掉了胡惟庸等人，并废除中书省及丞相制，分中书省及丞相权力归属六部，相对提高六部职权和地位，由六部尚书直接对皇帝负责，《明太祖实录》卷129载：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既诛，上谕文武百官曰：“朕自临御以来，十有三年矣，中间图任大臣，期于辅弼，以臻至治。故立中书省以总天下之文治，都督府以统天下之兵政，御史台以振朝廷之纪纲。岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸期之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷……赖神发其奸，皆就殄灭。朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置“四辅官”，以协赞政事，均调四时。《通纪》载：
九月丙午，置四辅官，以耆儒王本、杜佑、袭敩为春官，杜敩、赵民望、吴源为夏官，秋、冬官缺，以本等摄之，位列都督之次。敕以协赞政事，均调四时。月分三旬，人各司之。以雨旸时若，验其称职与否。
不久废去四辅官，并于洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，设内阁于殿廷，以大学士担任顾问兼秘书的职务。《昭代典则》说：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大学士，以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，典籍吴沈为东阁大学士，使侍左右备顾问。又置文华殿大学士，召耆儒鲍恂、余诠、张长年等为之，以辅导太子。
本来，内阁既非官署官，也非职官名。开始只是简任文臣入直文渊阁，参与机务。这些人原官的品秩低，不兼部务，也无官属，不能直接指挥行政，与东汉的尚书、唐代的翰林学士性质略同。久而久之，这些人逐渐升迁，并有了正式的办事处所，大学士本身品秩只有五品，但其所迁任的官往往以至尚书、侍郎，或有加衔至于“三公”者。这样，内阁的地位才逐渐提高。明成祖以后，大学士开始参预机务。《词林典故》说：
永乐初，命编修等官，于文渊阁参预机务，谓之内阁，渐升大学士诸职。仁宗或加师、保及尚书、侍郎、卿，仍兼学士、大学士衔。自后因之，称内阁大学士。凡大学士加三师，则为一品；加尚书，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大学士者，则仍正五品。
仁宗以后，阁臣之权加重，至世宗嘉靖年间（公元1522—1566年），改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，大学士的班次列在六部尚书之上。这时，内阁就类似于唐代的中书门下省了。唐代中书门下省官员互称阁老，明代大学士一般也称阁老。内阁大学士虽然表面位尊而权重，但是独立发挥其权力的机会却甚少，因其内受制于宦官，外则用人之权集中于吏、兵两部。《明史·职官志》说：
至世宗中叶，夏言、严嵩迭用事，遂赫然为真宰相，压制六卿矣。然内阁之拟票，不得不取决于内监之批红，而相权转归之寺人。于是朝廷之纪纲，贤士大夫之进退，悉颠倒于其手。
由此可见，若以明代的内阁大学士具有宰相的权力，那是不恰当的。
三、六部
明代中枢六部初置于洪武元年，各部设尚书、侍郎、郎中，员外郎、主事等官，隶中书省统辖，分理国家诸事，其职至重。《昭代典则》说：
洪武元年（公元1368年）八月丁丑，始置吏、户、礼、兵、刑、工六部，设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事，仍隶中书省。帝（太祖）召六部尚书入见奉天殿，谕曰：“朕肇基江左，军务方殷，官制未备。今以卿等分任六部。国家之事，总之者中书，分理者六部，至为要职。凡诸政务，宜悉心经理，或有乖违，患及天下，不可不慎。
洪武五年（公元1372年）定六部具体职掌，并于岁终进行考绩，分其优劣，以行黜陟。六部官员相对稳定，不得轻易调动，凡有劳绩者，则在本部升用。自洪武十三年（公元1380年）罢中书省后，即升六部品秩：尚书为正二品（建文中曾一度提为正一品，永乐时复旧），侍郎正三品，郎中正五品，员外郎从五品，主事正六品。[!--empirenews.page--]
六部尚书、侍郎都是堂官，由皇帝直接领导，其中吏部尤为重要，因为官吏的除授都必须经过吏部。明朝的首任吏部尚书为滕毅，樊鲁璞、汪河分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），吏部分三个属部，即总部，司勋部，考功部；十三年（公元1380年），增司封。二十二年（公元1389年）改总部为选部。二十九年（公元1396年），改定文选、验封、稽勋、考功四个清吏司。每司设郎中、员外郎、主事各一人。
首任户部尚书为杨思义。刘诚、杭琪分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），户部分设五科，即一科、二科、三科、四科、总科。每科设郎中、员外郎各2人，主事5人。十三年（公元1380年），分四个属部，即总部、度支部、金部、仓部。洪武二十二年（公元1389年），改总部为民部，次年，又分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，每部仍分民、度、金、仓四科。二十九年（公元1396年），改十二部为十二清吏司，各设郎中1人，员外郎1人，主事2人。永乐元年（公元1403年），改北平司为北京司。永乐十八年（公元1420年）。废北京司，设云南、贵州、交址三个清吏司，宣德十年（公元1435年），罢交址司，定为十三司。户部十三司，自明孝宗弘治以来，以公署不大，只留郎中1人治事。员外郎、主事只能在授官之日出席而已，实际都只挂名。郎中一人无法管事，只好委任基层吏胥，以致弊端百出。至神宗万历时，王国光任户部尚书，始令每司吏员尽入署治事，司中职业才得修举。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。
礼部首任尚书为钱用壬、侍郎为世家宝。洪武六年（公元1373年）分四属部，即总部、祠部、膳部、主客部。洪武十三年（公元1380年），定每属部设郎中、员外郎、主事各1人。二十二年（公元1389年），改总部为仪部。二十九年（公元1396年），改为仪制、祠祭、精膳、主客四个清吏司，另辖铸印局，局设大使1人，副使2人。
兵部的首任尚书为陈亮，侍郎为朱珍。洪武六年，分三个属部，即总部、驾部、职方部。洪武十三年再增库部，二十二年改总部为司马部。二十九年改为武选、职方、车驾、武库四司。每司设郎中、员外郎各1人，主事2人。另辖会同馆，大通关等机构，各设大使和副使。
刑部的首任尚书为周桢，侍郎为盛元辅，张仁。明太祖即位初期，用法太严，周桢任尚书时，始定律令，使吏士有法循守。洪武六年（公元1373年），刑部分为四个属部，即总部、比部、都官部、司门部。八年（公元1375年），增设四科，分属于四部。部设郎中、员外郎各1人。总部、比部主事各4人，都官，司门主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改总部为宪部，二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改为十二清吏司，设郎中、员外郎各1人，主事2人，永乐十八年（公元1420年）除北平司，增置云南、贵州、交址三司。宣德十年（公元1435年）革交址司，遂定为十三个清吏司。
工部的首任尚书为单安仁，侍郎为张允文和杨翼。洪武六年，分四个属部，即总部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部为屯部。二十二年，改总部为营部。二十九年，定为营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司。设郎中、员外郎、立事各1人，另辖宝源局、军器局等。
永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
明代六部所属各清吏司之郎中、员外郎、主事等司官，皆为实际任职之人，所以颇能上下其手，招降纳贿。
明代六部尚书往往不拘定额，可以添差，故有道士而任礼部尚书，工头而任工部尚书的现象。
四、都察院
明代初年，沿元旧制，设御史台，洪武十三年（公元1380年）五月罢御史台。十五年改置都察院。这个机构为明代所创设的，与前代御史台之制不甚相同。都察院设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史及浙江、江西、福建、四川、陕西、云南、河南、广西、广东、山西、山东、湖广、贵州等十三道监察御史共110人。都御史为台长，与六部平行，合称七卿。都御史之职，据《明史·职官志二》说：
都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾。遇期觐，考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。可见明代都御史的权力很大，凡官吏之考察黜陟则会同吏部、重大刑狱则会同刑部与大理院。其他各官署则分属十三道监察御史稽察。监察御史充任的职务，远比前代繁重。据《明史·职官志二》所载：
在内两京刷卷，巡视京营、监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城、轮值登闻鼓。在外巡按（北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人），清军，提督学校（两京各一人，万历末南京增设一人）。巡盐（两淮一人，两浙一人，长芦一人，河东一人），茶马（陕西）、巡漕、巡关、儹运、印马、屯田。师行则监军纪功，各以其事专监察。而巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。
御史权重如此，所以选授也极慎重，自永乐八年（公元1410年）以后，规定御史必从进士及监生中有学识并通达治体者选任。《明会要·职官五》引《三编》载：
永乐七年（公元1409年），召御史张循理等二十八人至，问其出身，皆由进士及监生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人虽不专一途，然御史为朝廷耳目之寄，宜用有学识通达治体者。”黜秉等为序班。诏：“自今勿复用吏。”明年冬，申谕吏部，着为令。
御史之权既重，然处事若有差失，惩办也极严厉。据《世法录》记载，洪武十五年（公元1382年）五月，御史雷励误把良民判为徒罪。明太祖查获其事，责之曰：“朝廷能使顽恶慑伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民无所守。尔为御史，执法不平，何以激浊扬清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪论决，可以再生乎？”并命法司论雷励之罪，以示警戒。就连书写失误，也被认为不称职而一例治罪。据《梦余录》记载，宣德间，御史谢瑶在荐举文牍上误书被荐者姓氏，奏书上呈后，又自陈改正。宣宗谓吏部曰：“古人奏牍皆存敬慎，石庆书‘马’字缺点，惧及死。今荐贤不知其姓，岂能知其才？轻率如此，岂称御史之职？”便把谢瑶贬为交址大蛮县知县。宣德十年（公元1435年），宣宗又特谕都察院：“朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛，令吏部：今后，初仕者不许铨除风宪。凡监察御史有缺，令都察院堂上及各道官保举，务要开具实行，移咨吏部，审察不谬，然后奏除。其后有犯赃及不称职，举者同罪”。可见有明一代，对御史官的选授和督察是甚为严格的。[!--empirenews.page--]
五、通政使司
元代有四方献言详定司，后又置通政院，其职掌不相同。明代于洪武三年（公元1370年）三月，置察言司，以王文卿、原本两人为司令，掌受四方章奏，旋罢。洪武十年（公元1377年）七月，置通政司，设通政使1人，正三品；左、右通政各1人，正四品；誊黄右通政1人，正四品；左、右通议各1人，正五品。其属官有经历司经历1人，正七品；知事1人，正八品。《明史·职官志二》载：
通政使掌受内外章疏、敷奏、封驳之事。凡四方陈情建言，申诉冤滞，或告不法等事，于底簿内誊写诉告缘由，■状奏闻。凡天下臣民实封入递，即于公厅启视，节写副本，然后奏闻。即五军、六部、都察院等衙门，有事关机密重大者，其入奏仍用本司印信。凡诸司公文，勘合辨验允当，编号注写，公文用“日照之记”，勘合用“验正之记”关防之。凡在外之题本、奏本，在京之奏本，并受之，于早朝汇而进之。有径自封进者则参驳。午朝则引奏臣民之言事者，有机密则不时入奏。有违误则籍而汇请。凡抄发，照驳诸司公移及勘合，讼牒，勾提件数，给繇人员，月终类奏，岁终通奏。凡议大政、大狱及会推文、武大臣，必参预。
洪武十年（公元1377年），以曾秉正为首任通政使，刘仁为左通政使。上任之时明太祖晓谕说：“政犹水也，欲其常通，故以‘通政’名官。卿其审命令以正百司，达幽隐以通庶务。当执奏者勿忌避，当驳正者勿阿随，当敷陈者毋隐蔽，当引见者毋留难”。可见明太祖对这个机构是相当重视的。
通政使司是明代创设的，其职能似乎有类于南北朝的通事舍人、唐代的知匦使、宋代的合门使及通进银台司等机构之合并。在理论上是君主和臣下之间的一个联系机关，任何官署上奏事件都必须经由其手，所以居七卿之下的最高位次，有资格参预“廷推”。据《梦馀录》记载，通政司门下有一红牌，书云“奏事使”。持此牌可以直入内府，守卫官不得阻拦，这给通政使奏事提供了方便，下情能及时上达。通政司出纳王命，为朝廷之喉舌，其封奏皆自御前开拆，故奸臣有事即露，无幸免者。天顺（公元1457—1464年）以后，其作用虽稍减弱，但也为权奸所警戒。据《明史·严嵩传》载，嘉靖中，赵文华与严嵩结为父子，严嵩念“己过恶多，得私人在通政，劾疏至，可豫为计”。故以文华为通政使，及明中、晚期，通政司实际已被奸党所控制，通达下情之意，荡然无存了。清代君主直接受理奏章，通政使即变成闲曹，而其品秩却依然如旧。
六、大理寺
大理寺，洪武十四年（公元1381年）置，命李仕鲁为首任大理寺卿，正五品。置左右少卿，从五品；左右寺丞，正六品。十九年（公元1386年）置审刑司，共平庶狱。凡是大理寺所理之刑狱，审刑司均复详议之。为加强大理寺的权力，洪武二十二年（公元1389年），升大理寺卿为正三品，少卿正四品，丞正五品。可见明太祖对这个执法机关是很重视的，据《明代典则》记载，洪武二十四年（公元1391年）六月，太祖把大理寺丞周志清提为卿，并说：“大理之卿，即古之廷尉，历代任斯职者，独汉称张释之、于定国，唐称戴胄。盖由其处心公正，议法平恕，狱以无冤，故流芳后世。今命尔为大理寺卿，当推情定法，毋为深文，务求明允，使刑必当罪。庶几可方古人，不负命也”。大理寺所掌为“审谳平反刑狱之政令”。要做到“推情定法”，“刑必当罪”，使“狱以无冤”是很不容易的。所以大理寺官员选任之当否是非常重要的，据《梦余录》记载，宣德时，吏部尚书蹇义特为此事向宣宗上疏说：
刑部都察院职典刑名，而大理寺尤专详谳。居是职者，必得其人。其官属，宜从堂上官精加考■，庸劣不称者黜之，贪婪苛刻者罪之，其有作奸犯科者，责令互相纠举。违者，一体论罪。
蹇义奏疏所提出的原则实际上是无法实行的，尤其是明中期以后，大理寺之权竟落入“庸劣不称者”之手。以至刑狱不清，冤案四出。所以，嘉靖六年（公元1527年），黄绾又上疏世宗：
法司所以理刑名，至于大理寺职司参驳，关系尤重。凡任两寺官，非精律例，见出原问官之上，何以评其轻重，服其心乎？近见两寺官，有初入仕途，律之名例尚未通晓，即欲断按庶狱，未免有差。原问官因得指摘罅漏，借为口实，至于参驳。本寺亦不降心，辄逞雄辩，往复数次，淹累囚众，至不得已，将就允行。刑狱不清，职此之故1。
由于用人不当，庸劣当权，不精律例，偏执己见，因而拷掠成狱，“捶死狱中”，论罪不当，“重囚称冤”者往往有之。但明代也有一些大理寺卿能公平理狱，执法不阿。如《明史·虞谦传》记载仁宗时，虞谦为大理寺卿、吕升为少卿，能“悉心奏当，凡法司及四方所上狱，谦等再四参复，必求其平，尝语人曰：‘彼无憾，斯我无憾矣’。”又《明史·马森传》载，马森为大理卿，屡驳疑狱，与刑部尚书郑晓、都御史周廷称为“三平”。但大理寺卿有时也受到权臣的制约，不能公正治狱，《明史·王用汲传》载，万历时，王用汲为大理少卿，遇法司议胡槚、龙宗武杀吴仕期案，定胡、龙二案犯谪戍。用汲认为量刑不公，驳奏曰：“按律：刑部及大小官吏不依法律，听从上司主使出入人罪者，罪如之。盖谓如上文‘罪斩，妻子为奴，财产入官’之律也。仕期之死，槚非主使者乎？宗武非听上司主使者乎？今仅谪戍，不知所遵何律也？”神宗欲从用汲之言，可是阁臣申时行等则认为仕期自毙，宜减等。这个依法本该判处死刑的案犯，就以谪戍从轻发落，可见在封建社会，正直的刑官往往不能维护法律尊严的。
明代的大理寺与刑部、都察院合称为“三法司”，国家的重大案件，常由“三法司”会审。但是中期以后，大理寺执法之权被夺，实际上只能核阅案卷而已。
七、詹事府
洪武初年，置大本堂以藏古今图籍，召四方名儒训导太子、亲王。不久，太子居于文华堂，诸儒轮班侍从，又选才俊之士入充伴读。当时，东宫官属除了太子少师、少傅、少保、宾客以外，还有左右詹事、同知詹事院事、副詹事、詹事丞、左右率府使、同知左右率府事、左右率府副使、谕德、赞善大夫，都以勋旧大臣兼领其职。又有文学、中舍、正字、侍正、洗马、庶子及赞读等官。洪武十五年（公元1382年），改定左、右春坊官，各置庶子、谕德、中允、赞善、司直郎，又各设大学士。随即又定司经局官，设洗马、校书、正字。二十二年（公元1389年），因属官太多而无所统率，才设詹事院以总之。二十五年（公元1392年）改名詹事府，置詹事1人（正三品），少詹事2人（正四品），府丞2人（正六品）。主簿厅主簿1人（从七品），录事2人（正九品），通事舍人2人。左春坊：职官有大学士（正五品）、左庶子（正五品）、左谕德（从五品）各1人，左中允（正六品）、左赞善（从六品）、左司直郎（从六品，后不常设）各2人，左清纪郎1人（从八品，不常设），左司谏2人（从九品，不常设）。右春坊的官员设置如在春坊。司经局：设有洗马1人（从五品）、校书（正九品）、正字（从九品）各2人。[!--empirenews.page--]
詹事掌统府、坊、局之政事，以辅导太子。少詹事为詹事之副贰。明太祖对太子的教育很重视，既不随便付之以重任，又特设一套较前代完备的东宫官，以训导太子。《明会要·职官七》引《明通纪》：
洪武元年（公元1368年）正月，中书及都督府议，仿元旧制设中书令，欲奏以太子为之。帝曰：“取法于古，必择其善者而从之。元人事不师古，设官不以任贤，惟其类是与，岂可取法？且吾子年未长，学未充，更事未多，所宜尊礼师傅，讲习经传，博通古今，识达机宜。他日军国重务，皆令启闻，何必效彼作中书令乎？”乃令詹同考东宫官，设少师、少傅、少保、詹事、率府使、谕德、赞善，宾客等官。
这表现了明太祖的卓见远识，詹事府官员对太子的影响最为直接，所以明太祖慎择其人，常以勋旧大臣兼领其职。据《明史·唐铎传》记载，初置詹事院，太祖对吏部说：“辅导太子，必择端重之士。三代保、傅，礼甚尊严。兵部尚书唐铎谨厚有德量，以为詹事，食尚书俸如故。”以后，凡东宫官缺，则命廷臣推举孝义笃行之京官兼任。英宗天顺（公元1457—1464年）以前，或尚书、侍郎、都御史兼任。宪宗成化（公元1465—1487年）以后，例以礼部尚书、侍郎由翰林出身者兼掌之，明太祖规定宫官由廷臣兼领，其谋虑是很深远的。据《洪武圣政记》载：
洪武三年（公元1370年）十二月，礼部尚书陶凯请选人专任东宫官属，罢兼领之职，庶于辅导有所责成。帝曰：“古者不备其官，惟贤能是用。朕以廷臣有才望勋德者，兼东宫官，非无谓也，尝虑廷臣与东宫官属有不相能，遂成嫌隙，或生奸谋，离间骨月（肉），其祸非细。若江充之事，可为明鉴。朕今立法，令省台都督府官兼东宫赞辅之职，父子一体，君臣一心，庶几无相构患”。
这说明了明太祖规定“兼领”之制是接受了西汉巫蛊之祸的教训。宫官“兼领”就可预防廷臣与宫官相构，而生奸谋，“离间骨肉”。这是明太祖调节宫廷内部矛盾的重要措施。
通事舍人掌东宫朝谒及辞见之礼。“凡廷臣朝贺，进笺进春、进历于太子，则引入而举案”。春坊大学士执掌太子向皇上奏请及讲读之事。洗马掌经史子集、制典、图书刊辑之事。凡天下图册上东宫者，皆受而藏之。校书、正字为洗马之佐，掌缮写装潢并校正典籍之讹谬。
明中期以后，詹事府成为翰林官迁转之阶，太子出阁的讲读之事都由其他官员充任，名实已不相符了。
八、翰林院
吴元年（公元1363年）五月，初置翰林国史院，设学士（正三品），侍讲学士（从四品），直学士（正五品），修撰，典簿（正七品），编修（正八品）。洪武元年（公元1368年），改名翰林院。洪武二年，置学士承旨，正三品，改学士为从三品，并增设待制（从五品），应奉（正七品），典籍（从八品）等官。洪武十三年（公元1380年）增设检阅（从九品）。洪武十四年，降翰林学士为正五品，并革除学士承旨、直学士、待制、应奉等官。明初，翰林院官员都是荐举而入，而不从进士中选任。所以，洪武四年（公元1371年）开科，状元吴伯宗只授员外郎，榜眼、探花仅授主事而已。至十八年（公元1385年），更定翰林品员，定进士一甲授修撰，二甲以下授编修、检讨，其品秩自学士五品以下至七品不等。据《明史·选举志》载，这年廷试后，一甲进士丁显等授翰林院修撰，二甲马京等为编修，吴文为检讨。进士入翰林就是从这一年开始。此后，明太祖对翰林院的政治作用逐渐注意，据《明史·戴德彝传》载，洪武二十七年（公元1394年），戴德彝为翰林院侍讲，太祖对他说：“翰林虽职文学，然既列禁近，凡国家政冶得失，民生利害，当知无不言。昔唐陆贽、崔群、李绛在翰林，皆能正言谠论，补益当时，汝宜以古人自期”。
惠帝建文初年，复置学士承旨，改侍讲、侍读两学士为文学博士，以方孝孺任之，参预机务，并置文翰、文史二馆。以文翰馆居侍讲，侍读，侍书，五经博士；文史馆居修撰，编修，检讨。永乐二年（公元1404年），授一甲3人为翰林修撰、编修，再于二甲选文学优等者杨相等50人及善书者汤流等10人为庶吉士。从此以后，庶吉士便成为翰林之专官。
明代翰林院官员具有两重意义：其一，作为参预机务的内阁成员。内阁成员称大学士，因而内阁与翰林院为一而二，二而一的机构，这是清制只有翰林出身者才能入阁的由来。自明宪宗成化（公元1465——1487年）以后，不但内阁，就连六部长官也有定例以翰林官充任的。据《明史·职官志二》载：“其在六部，自成化时，周洪谟以后，礼部尚书、侍郎必由翰林，吏部两侍郎必有一由于翰林。其由翰林者，尚书则兼学士（六部皆然），侍郎则兼侍读、侍讲学士。其在詹事府暨坊、局官，视其品级，必带本院衔（詹事，少詹事带学士衔，庶子，谕德，中允，赞善则带侍讲、侍读学士以至于编修、检讨等衔）”。其二，明代的翰林院包括前代的秘书监、史馆、着作局、起居郎、舍人等职；因此，这些官名均已废除。事实上连这些官的职务也废除了，有时不过作为装点门面而已。
明代的翰林学士掌制诰、史册、文翰之事，以考议制度，详正文书，备天子顾问，其职位颇为清要。《明史·职官志二》说：“大政事、大典礼，集诸臣会议，则与诸司参决其可否，车驾幸太学听讲，凡郊祀、庆成诸宴，则学士侍坐于四品京卿上”。因其常在帝侧，“备天子顾问”，颇能左右朝政，也可干预官吏的黜陟，所以特受尊崇，虽品列第五，侍坐则在四品京官以上。侍读、侍讲掌讲读经史。
此外，国子监也与翰林院相接近。置祭酒1人（从四品），司业1人（正六品）。其下设绳愆厅，以监丞1人（正八品）掌执学规；博士厅，有《五经》博士5人（从八品）分经讲授，助教15人（从八品），学正10人（正九品），分率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂为士子肆业之所，这是明代所特设的；典簿厅，有典簿1人（从八品）；典籍厅，有典籍1人（从九品；掌馔厅，设掌馔2人（未入品）。
九、宦官机构
明代初年，对宦官的限制非常严格，据《昭代典则》记载，洪武二年（公元1369年）八月，在确定内侍官制时，太祖诏谕吏部说：
朕观《周礼》，阍寺不及百人，后世多至数千，卒为大患。今虽未能复古，亦当为防微之计。此辈所事，不过供洒扫，给使令而已。若求善良，百无一二。用为耳目，即耳目蔽；用为心腹，即心腹病。驭之之道，但当使之畏法，不可使之有功。有功则骄恣畏法则检束，自不为非也。可见明太祖对宦官祸害的认识是很深刻的。洪武六年（公元1373年）十一月，特命延臣考究前代纠劾内官的办法。礼部议置内正司，设司正、司副各一人，专门纠察内官失仪及不法的行为。据《明会要·职官十一》引《明政统宗》载，洪武十年（公元1377年）五月，有一个内侍官因在内廷时间较久，偶而言及政事，当即被太祖斥遣归还乡里，并令终身不得叙用。又对诸臣说：[!--empirenews.page--]
此辈日在左右，其小忠小信，足以固结君心。及其久也，假窃威权，以干政事，遂至于不可抑。自古以此辈乱者多矣。今立法不许寺人干预朝政，决去之，所以惩将来也随后规定内臣不许读书识字。洪武十七年（公元1384年），特铸一个铁牌，上刻文字：“内臣不得干预政事，犯者斩。”置于宫门之中。又敕令诸司，不得与内官监文移往来。自古以来，对宦官之禁，未有如明太祖之周备。当时有个御用监名叫杜安道，以镊工侍太祖数十年，朝中许多机密计议他都知道，但他个性慎密，严遵太祖的禁令，在诸大臣面前仅一揖而退，从不启口泄漏机密。太祖对他很宠爱，但不给予优遇，后来迁出为光禄寺卿。
洪武末，太祖重新整顿宦官机构，定十二监及各司局，并制定宦官的品秩和待遇。《明史·宦官传序》说：
明太祖既定江左，鉴前代之失，置宦官不及百人。迨末年颁《祖训》，乃定为十有二监及各司局，稍称备员矣。然定制，不得兼外臣文武衔，不得御外臣冠服，官无过四品，月米一石，衣食于内庭。
后来宦官设置不断增多，《明史·职官志三》说：“宦官……十二监、四司、八局，所谓二十四衙门也。”其机构之庞大，为历代所无。因各监、司、局官称职掌繁杂，特制二十四衙门官制之简表以说明。
此外又有内府供应库，设掌印太监1员，掌宫内及山陵等处内官食米及御用黄蜡、白蜡，沉香等。凡油蜡各库均属之；司钥库，设掌印太监1员，掌大内库藏，凡金银及诸宝货总隶之；十库：甲字，掌贮银朱，黄丹，乌梅，藤黄，水银诸物。乙字，掌贮奏本等纸。丙字，掌贮丝绵，布匹。丁字，掌贮生漆，桐油等物。戊字，掌贮所解弓箭，盔甲等物。承运，掌贮黄白生绢。广盈，掌贮纱罗诸帛匹。广惠，掌造贮巾帕，梳笼、刷抿、钱贯、钞锭之类。赃罚，掌没入官物；御酒房，设提督太监1员，掌造御用酒；御药房，设提督太监正、副2员，掌御用药饵，与太医院官相表里；御茶房，设提督太监正、副2员，职司供奉茶酒、瓜果及进御膳；牲口房，设提督太监1员，掌收养异兽珍禽；刻漏房，设掌房1员，掌管每日时刻，每一时即令直殿监官入宫换牌，夜报刻漏，更鼓房，有罪内官职司之；甜食房，设掌房1员，掌造办虎眼，窝丝等糖及诸甜食（隶御用监）；弹子房，设掌房1员，专备泥弹；灵台，设掌印太监1员，掌观星气云物，测候灾祥；绦作，设掌作1员，掌造各色兜罗绒及诸绦绶（隶御用监）；盔甲厂（即旧鞍辔局），掌造军器；安民厂（旧名王恭厂），设掌厂太监1员，掌造铳炮、火药之类。又午门，东华门，西华门，奉天门，玄武门，左、右顺门，左、右红门，皇宫门，坤宁门，宫左、右门以及东宫春和门，后门，左、右门，皇城、京城内外诸门等，各设门正1员，司晨昏启闭，关防出入。还有提督东厂，设掌印太监1员，掌刺缉刑狱之事。旧选各监中一人提督，后专用司礼监之秉笔第二人或第三人为之。其贴刑官，则用锦衣卫千百户为之。提督西厂（不常设），提督东营（代宗景泰元年〔公元1452年〕始置）；文书房，设掌房10员，掌收通政司每日封进本章，及各藩所上封本，其在外之阁票，在内之搭票，一应圣谕旨意御批，俱由文书房落底簿发，凡升司礼者，必由文书房出；礼仪房，设提督太监1员，掌一应选婚、选驸马以及皇太子女诞生，选择乳妇诸吉礼；中书房，设掌房1员，掌管文华殿中书所写书籍、对联、扇柄等件，承旨发写，完日奏进；御前近侍，包括乾清宫管事，打卯牌子，御前牌子，煖殿，管柜子，赞礼，答应长随，当差听事，拏马，尚冠、尚衣、尚履等，皆属近侍；南京守备，设正、副守备太监各1员，关防一颗，护卫留都，为司礼监之外差；天寿山守备，设太监1员，辖各陵守陵太监，职司护卫；湖广承天府守备，设太监1员，辖承德、荆、襄地方，护卫兴宁；织造，南京，苏州，杭州各设提督太监1员，掌织造御用龙衣；镇守（镇守太监始建于洪熙，遍设于正统），各省各镇均有镇守太监，嘉靖八年后革。市舶，广东、福建、浙江三市舶司各设太监提督，后罢福建、浙江，惟存广东司；监督仓场，各仓各场俱设监督太监；诸陵神宫监，各陵俱设神宫监太监守陵。在外的临时差遣有监军、采办、粮税等等名目，不胜枚举。
建文帝嗣位，一遵祖训，对内臣的限制更加严格，据《明史·宦官传序》载，惠帝诏内臣“出外稍不法，许有司械闻”。成祖初临朝，也警惕宦官擅权，《明史·职官志三》载，他曾说：“联一遵太祖训，无御宝文书，即一军一民，中官不得擅调发。”当时有个宦官私自调用应天府工匠为其服役，事发后，成祖立即诏命锦衣卫逮捕治罪。但不久，这些禁令全部破坏了。《明史·职官志三》说：
顾中官四出，实始永乐时。元年（公元1403年），李兴等■敕劳暹罗国王，此奉使外国之始也。三年（公元1405年）命郑和等率兵二万，行赏西洋古里、满刺诸国，此将兵之始也。八年（公元1410年），敕王安等监都督谭青等军，马靖巡视甘肃，此监军、巡视之始也。
至洪熙元年（公元1425年），仁宗派遣郑和领下番官军守备南京。从此以后，宦官领兵之例便相沿不革。同时又派王安镇守甘肃，于是，各省镇皆相继派宦官为镇守。宣德四年（公元1429年）宣宗特于宫中设内书堂，命大学士陈山专授小内使书，从此，太祖不许内臣读书识字之制也被废除了，甚至特赐金英、范弘等宦官免死诏，这简直无异于勋臣之丹书铁券。从此，宦官威慑朝臣，权倾内外，例如英宗时之王振，宪宗时之汪直，武宗时之刘瑾，熹宗时之魏忠贤，更是作威作福，独擅朝政。至于神宗时之矿税使，简直无处不受其害。宦官不仅有权有势，仗势欺人，而且可以荫弟、荫侄、封伯、封公，所以一些利欲熏心之辈，皆争相自宫（自割其生殖器）以备其选。据沈德符《万历野获编补遗》记载，正德二年（公元1507年）九月，武宗曾严申自宫之禁，但有潜留京师者论死。由于当时宦官格外宠幸，愚民不受其禁，不少人阉其子孙以图富贵，有的一村中自宫者数百人。嘉靖、隆庆以后，自宫的人数越来越多。
宦官权势日张，操持国柄，为祸酷烈，终导致明朝灭亡。
十、在京的其他机构
明代的卿寺，如太常寺、光禄寺、大仆寺、鸿胪寺等建置皆如前代。只有尚宝司是增设的，其职掌据《明史·职官志三》说：
凡宝之用，必奏请而待发。每大朝会，本司官二员，以宝导驾，俟升座，各置宝于案，立待殿中。礼毕，捧宝分行，至中极殿，置案而出。驾出幸，则奉以从焉。岁终，移钦天监，择日和香物入水，洗宝于皇极门。籍奏一岁用宝之数。凡请宝、用宝、捧宝、随宝、洗宝、缴宝，皆与内官尚宝监俱。[!--empirenews.page--]
这些职务在古代只属于门下省的一小部分工作，而明代却特立机构，并以卿（正五品）、少卿（从五品）各1人为其主官。这个位置专与大臣、勋戚子弟而作为荣宠的。
特设而无专署的，有吏、户、礼、兵、刑、工六科都给事中（正七品），左、右给事中（从七品），掌侍从，规谏，补阙，拾遗，稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而颁之；若有失误，则封还执奏。凡内外所上章疏，分类抄出，参署付部，并驳正其违误。六科于乡试时充考试官，会试时充同考官，殿试时充受卷官。册封宗室，诸蕃或告谕外国时，则充正，副使、六科与御史同有言责，所以经常不免互有袒护而产生矛盾。习惯上以御史为台，以给事中为垣，台垣不相容是明代政局中的奇特现象。
中书科，有中书舍人20人（从七品），直文华殿东房中书舍人，直武英殿西房中书舍人，内阁诰敕房中书舍人，制敕房中书舍人（并从七品，无定员）。其名虽与古代之中书舍人相似，而实际职掌则不同。中书科舍人掌书写诰敕，制诏，银册，铁券等事。文华殿舍人，掌奉旨书写书籍。武英殿舍人，掌奉旨篆写册宝，图书，册页。内阁诰敕房舍人，掌书办文官诰敕，翻译敕书，并外国文书，揭帖，兵部纪功，勘合底簿。制敕房舍人，掌书办制敕，诏书，诰命，册表，宝文，玉牒，讲章，碑额，题奏，揭帖一应机密文书，以及各王府敕符底簿。总之，这些舍人实际任务只是照例书写诰敕而已，此外并没有什么重要职权。中书舍人建于永乐初年。《明史·职官志三》载：
洪武间，置承敕监，司文监，考功监，参掌给授诰敕之事。永乐初，命内阁学士典机务，诏册、制诰皆属之。而誊副、缮正皆中书舍人入办，事竣辄出。宣德初，始选能书者处于阁之西小门，谓之西制敕房。而诸学士掌诰敕者居阁东，具稿付中书缮进，谓之东诰敕房。正统后，学士不能视诰敕，内阁悉委于中书、序班、译字等官，于是内阁又有东诰敕房。
这就是内阁诰敕房及制敕房中书舍人的由来。若从其沿革看，似乎是古代中书舍人演变而降为低级。至于直文华殿东房，武英殿西房中书舍人，最初为内官之职，继而以中书分直，最后则选择能书者充任。其地位更为卑微，舍人大约有两方面，《明史·职官志三》说：
大约舍人有两途：由进士部选者，得迁科道部属，其直两殿，两房舍人，不必由部选，自甲科、监生、生儒、布衣能书者，俱可为之。不由科甲者，初授序班，及试中书舍人，不得迁科道部属，后虽加衔九列（卿），仍带衔办事。
中书舍人这一官，性质十分难辨，明代制度，富家子弟，尽管一无所能，但可用资捐得一中书舍人，再加一卿衔，便俨然成为高官显爵。如与唐、宋之舍人相较，则有天渊之别。沿至清代，虽不至如此之滥，而中书科中书（删去“舍人”二字）只以荫生，贡监补授，至于内阁中书，则几乎是非进士不可补。
明代又有行人司，洪武十三年（公元1380年）初置，设行人，秩正九品。左、右行人，从九品。不久，改行人为司正，左、右行人为左、右司副，另设行人345人。洪武二十七年（公元1394年），升司正为七品，左、右司副为从七品，行人为正八品，职专捧节，奉使之事。《明史·职官志三》载：
凡颁行诏赦，册封宗室，抚谕请蕃，征聘贤才，与夫赏赐，慰问，赈济，军旅，祭祀，咸叙差焉。每岁朝审，则行人持节传旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微册，批缴内府。最初多由孝廉充任行人，奉使常不称旨。后定行人司官40员，全在进士中选授。非奉旨不得随便派遣。从此，行人之职才受到重视。
十一、卫所和五军都督府
军队是国家政权的主要组成部分之一，因此，明初的统治者也特别注意对军队的管理和建设。朱元璋建立了卫所制度。《明史·兵志》云：“自京师达于郡县，皆立卫所”。在军事上重要的地方设卫，次要的地方设所。当时明朝约有军队二百万，都编置在卫所中，大抵每112人编为一个百户所，1，120人编为一个千户所，5，600人为一卫。卫所的军官称卫指挥、千户、百户。军户皆另立军籍，是世袭的。精锐的军队多驻在京师，朱元璋在南京一带设有48个卫，有军士20余万人，朱棣在北京设72个卫。
明代初年置行枢密院，太祖自领之。又置诸翼统军元帅府。不久，罢枢密院，改置大都督府，以朱文正为大都督，统领中外诸军事，下设司马、参军、经历、都事等官。明代定制，大都督府、大都督为从一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，从二品；副都督，正三品，佥都督，从三品；经历从五品，都事从七品，统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品。不久罢统军元帅府。洪武十三年（公元1380年），在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。洪武十五年（公元1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（公元1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。二十三年（公元1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。兵权始终掌握在皇帝手中，这是朱元璋从军事上加强和巩固皇权的重要措施。
在京各卫，称为京卫。京卫有上直卫，南京卫，北京卫，品秩相同。各有掌印、佥书。上直卫的亲军指挥使司有26个卫，即锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫（以上12卫，洪武中置），金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫（以上10卫，永乐中置）、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫（以上4卫，宣德八年置）。其中锦衣卫掌侍卫，缉捕，刑狱之事，常以勋戚都督领之，恩荫寄禄无常员。凡朝会，巡幸，则具卤簿仪仗，率领大汉将军（共1，507员）等侍从扈行。宿卫则分番入直。锦衣卫名为宿卫扈从，实则假侦事之权，以欺压平民及一般官员，最为专横跋扈，特异于其他各卫。[!--empirenews.page--]
留守5卫：旧为都镇抚司，总领禁卫，先属于中书省，后改隶大都督府，设都镇抚（从四品），副镇抚（从五品），知事（从八品）。旋即改称宿卫镇抚司，设宿卫镇抚，宿卫知事。洪武三年（公元1370年）改留守卫指挥使司，专领军马守御各城门，及巡警皇城与城垣造作之事。后升为留守都卫，统辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江阴、广洋、横海、龙江、水军左、右10卫。洪武八年（公元1375年），复为留守卫，与天策等8卫，俱为亲军指挥使司（惟水军左右卫为指挥使司）并隶大都督府。洪武十一（年公元1378年）改为留守中卫，增置留守左、右、前、后4卫，仍为亲军。洪武十三年（公元1380年）始分隶五都督府。
南京另有一套军职：
南京设守备1人，协同守备1人，参赞机务1人。守备，以公、侯、伯充任，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之，其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。
南京五都督府为：左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督充任。分掌南京卫所，以达于南京兵部。
南京卫指挥使司，王府护卫指挥使司：设官皆如北京卫司。
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