“君主除了战争、军事制度和训练之外，不应该有其他的目标、其他的思想，也不应该把其他事情作为自己的专业，因为这是作为统帅的人应有的唯一的专业。”

——马基雅维利《君主论》

由于恐怖和怀疑的气氛笼罩法国，瓦西发生屠杀的消息迅速传遍了全国。作为回应，孔代亲王和其他胡格诺派贵族呼吁新教徒武装备战，其中大多数人都居住在卢瓦尔河以南。骰子已经掷出，吉斯公爵有样学样，也集结了一支军队开往巴黎，巴黎的大门向他敞开，感恩戴德的天主教徒视其为查理曼的化身。宫廷中一名身居高位的官员记录道：“市民领导都来迎接他，恭贺他大驾光临，当他进城的时候，人们高声欢呼，这些荣耀使公爵大为高兴，更有信心扩张权力。”首都人民对吉斯公爵的热爱不只体现在隆重的欢迎仪式上。城市官员告诉吉斯公爵，为抵抗宽容法令，打击新教徒，他们有能力为吉斯公爵召集两万名天主教士兵，以及两千万里弗（livre）[14]。吉斯家族的胜利来得太快，令凯瑟琳大为苦恼，只能求助于胡格诺派盟友。她写了封密信给孔代亲王，恳请后者“拯救（王室）子女，拯救母亲（她自己），拯救王国”（意思是她希望亲王从吉斯公爵手中夺回巴黎），又说：“我对孔代亲王充满信心，认为亲王必将如对亲生母亲一样看顾我。”如果摄政下令攻击臣属的消息一旦泄露，事将不谐，所以凯瑟琳在信件后又嘱咐了一句，指示亲王“阅后即焚”！[15]

但天主教徒人数太多，孔代亲王“和巴黎的吉斯家族作对，简直比苍蝇对抗大象还难”，这话是亲王手下一位军官说的。亲王决定，退回城墙拱卫的奥尔良，将其建设成胡格诺派的基地。科利尼立刻给凯瑟琳写信，建议她和国王放下一切，逃往奥尔良以求保护。众所周知，吉斯公爵将进军宫廷驻跸的枫丹白露，并挟持年轻的国王前往巴黎，这样，之后对新教徒的打击就会像是出于王室的命令。

不过此刻，太后不安地发现，吉斯公爵又取得了另一项胜利，一项政治上的胜利——他说服优柔寡断的安托瓦内放弃弟弟和科利尼制定的政策，投靠天主教徒。在此事上，吉斯公爵得到了西班牙国王的协助，后者公开表示支持吉斯家族，并利诱安托瓦内，表示西班牙可能会归还所占领纳瓦拉王国的部分领土。如果没有安托瓦内的默许，凯瑟琳不可能保住摄政的位子；如果安托瓦内争取摄政一职，必将得到三级会议的支持。纳瓦拉国王和吉斯家族之间的联盟只是计划的第一步，凯瑟琳明白，整个计划是要最终剥夺自己的一切权力。

此时此刻，凯瑟琳似乎第一次看清了自己野心计划中的不明智之处，看清了计划带来的风险。宗教改革派同盟意欲孤立凯瑟琳的政敌，维持她在政府中的掌控，但事实上却帮了吉斯家族的大忙，危害了她的地位。科利尼指出，如果她与查理九世和天主教大众决裂，放弃枫丹白露逃到奥尔良寻求胡格诺派保护的话，吉斯公爵必将率军追击。届时，他将会围困奥尔良。如果胡格诺派获胜还好，但考虑到天主教势力的强大，这种可能性不大。另一方面，如果安托瓦内和吉斯家族胜利（太后也明白这种可能性更大），她马上就会失去权力，还有可能被指控叛逆。[16]

凯瑟琳的唯一希望，是和吉斯家族及其盟友西班牙国王菲利普二世交涉，让后者相信这一切不过是一场可怕的误会，凯瑟琳从未想要皈依新教，自己继续掌权对他们也有好处，因为只有她对胡格诺派领袖具备足够影响力，从而避免全面战争。凯瑟琳唯一的办法，就是依靠自己的坚持，亲手签下停战协议，要想保住自己的地位，并为此前的行为辩护的话，这是唯一的办法了。“和平！和平！”这成了太后的口头禅。

故此，太后没有逃往奥尔良，而是和国王、宫廷留在了枫丹白露。三月底，吉斯公爵带着庞大的扈从来到枫丹白露，要求凯瑟琳和查理回到巴黎，凯瑟琳再次施展自己的谈判技能，试图和自己的死敌说理。但吉斯公爵对她的交涉无动于衷，对12岁国王和太后的反对和哭泣冷眼相待，强行将他们带到首都软禁起来。失去了一切权力的凯瑟琳再次落到了死敌手中，她激动地否定之前的所作所为，公开弃绝自己和胡格诺派的联系。凯瑟琳可怜地乞求说：“领主们竟会致信西班牙国王质疑我的宗教立场，这令我惶恐不安——我惶恐，并不是因为我在上帝面前需要见证、需要有人证明我的信仰、需要有人证明我的善功，我惶恐，是因为那些关于我的谎言。无论是从行事、意志，还是习惯上说，我从未改变自己的信仰，我已虔信天主教43年，我受天主教洗礼，在天主教环境中成长。”

与此同时，胡格诺派面临着和天主教势力开战的风险：这支天主教军队由吉斯率领，又得到了西班牙军队和瑞士雇佣军的有力支援，胡格诺派转向新教英格兰寻求帮助。伊丽莎白一世狠狠杀价，索要法国西北部的勒阿弗尔（Le Havre）港，以换取资金和士兵援助。绝望的胡格诺派同意了这笔亏本交易，结果造成了公共关系上的一场噩梦：他们的所作所为在法国人看来，是对主权的严重背叛。6月，全国各地爆发了严重战斗。一个人悲观地说：“双方犯下的野蛮行径不可胜数。胡格诺占上风的地方，圣像和陵墓遭新教徒破坏。而另一方面，天主教徒也屠杀或淹死一切被控异端的人，河流中浮尸充塞。”

冲突中，安托瓦内首当其冲，在1562年围困鲁昂（Rouen）的战役中，他受了致命伤。这位纳瓦拉国王即使在这种极端情况下还是犹豫不决，不知道应该以天主教徒身份死去，还是以新教徒身份死去；最终，为求稳妥，安托瓦内接受了新旧教两种终敷礼，并先向神父忏悔，又让胡格诺派医生给他念了一段福音书，这样就双方都不得罪了。安托瓦内死于11月10日，留下了性格激昂、笃信新教的让娜·达尔布雷这位遗孀成为纳瓦拉女王，并留有一子亨利，顽皮，长着褐色头发，时年8岁。

尽管安托瓦内逝世，但鲁昂还是落入天主教徒手中。凯瑟琳此刻急切想证明自己的价值——全面掌权的吉斯家族已公开探讨是否要让她下台，宫中传言，他们计划让凯瑟琳和她的孩子们分开，把她送到意大利去——当新教徒战败之时，凯瑟琳再次请求出面进行和平谈判。[17]太后再次保证，将会利用自己在胡格诺派领袖中的影响力，说服新教徒单方面停火并撤军。吉斯公爵觉得万无一失，所以无所谓地让他的囚徒会见孔代亲王，亲王似乎起初接受了协议，但后来却反悔了，撕毁了协议，令凯瑟琳非常失望。[18]亲王的反悔，使双方军队最后一次兵戎相见。1562年12月19日，双方在距巴黎以西50英里德勒（杜勒克斯）城外发生了战斗。

当天在林中交战的双方力量相当。天主教军队在火炮和步兵方面具备优势，而新教军队则利用英国提供的资金雇佣了德国雇佣军，人数众多，在两万上下，并在骑兵方面具备优势。科利尼虽然是海军提督，也在战斗中率领骑兵作战，为胡格诺派发起一次次勇猛冲锋，即使是天主教军中骁勇善战的西班牙步兵也不得不撤退。天主教军队主力也随之撤退，看起来胜利在望，当时的战报甚至向巴黎报告称新教徒已获胜。这一信息必定让凯瑟琳大喜过望，因为太后虽然表面支持正统，但听到战报之后，也不由得挖苦迫害自己的吉斯家族。据记载，她冷静说道：“这么一来，我们就要学着用法语念祷告词了。”

但科利尼的胜利并不长久。他以前的同伴现在为吉斯公爵作战，在策略和骁勇方面与提督不相上下。在战斗中，他率领三分之一的天主教军队隐蔽在树林之中。他看见胡格诺派骑士为追击溃逃的天主教军队而打乱阵型，使炮兵和步兵失去保护，便突然在山顶现身。他在冲下山坡加入战斗时高喊：“我的朋友们，就是现在，胜利属于我们！”

公爵的计划奏效了。科利尼试图调回士兵加入战斗，但为时已晚，他已失去了火炮和步兵主力。孔代亲王被包围俘虏。阵亡人数高得惊人：5小时之内有8000名法国人阵亡。同时，西班牙军虽然最初溃败，但很快重振士气，从另一边威胁新教军骑兵侧翼。吉斯公爵作战时游刃有余。他率军再次冲锋时喊道：“拿出勇气来，我的朋友；只有坚持下来才能赢得胜利！”科利尼为保存实力日后再战，决定撤军，以致天主教军掌控了战场。

凯瑟琳浑身发抖。对太后而言，吉斯公爵的完胜是最坏的事情；这意味着她和胡格诺派首领将遭到镇压流放。为避免发生此事，太后再次请求进行和谈，但这次，她没有获得同意。吉斯公爵知道自己胜利在望，便无视太后的请求，直接向胡格诺派要塞奥尔良开拔，彻底消灭敌人。科利尼知道，如无外援自己必将失败，故离开奥尔良前往英格兰寻求支援。但援军到得太晚，1563年2月初，吉斯公爵围困奥尔良，开始攻城。到2月中旬，城市外围已经落入天主教军手中。这样一来，胡格诺派岌岌可危。吉斯公爵决定赶尽杀绝。2月18日早上，胸有成竹的吉斯公爵下令，次日发动全面进攻，之后……

之后，2月18日夜，就在奥尔良城陷落前数小时，一位名为让·德·波特洛特（Jean de Poltrot）的胡格诺派下等贵族假扮天主教徒，成功地混进公爵大营，当公爵视察军队归来的时候藏身在灌木丛中，开枪击中了公爵。在医生寻找子弹无果之后，公爵接受手术。手术后仅四天，也就是1563年2月26日，威严的吉斯公爵，天主教信仰的热忱捍卫者，或许还是王国最伟大的战士，死了。

公爵一死，所有事情都再次发生了变化。天主教军群龙无首，取消了进攻计划。让·德·波特洛特在严刑拷打之下，表示科利尼是幕后主使，声称提督给他钱让他刺杀公爵。公爵的家人愤怒地高喊，要求严惩犯人。科利尼承认确实给过波特洛特钱，但那只是为了刺探敌情，而非刺杀统帅；不过提督同时提到，“对法国，对上帝的教会，尤其是对我和我的家族，吉斯公爵的死再好不过了”，这句话无益于缓解他和死者家属之间的关系。[19]

科利尼确实感到喜悦，但真正从波特洛特那颗子弹中获益的还是凯瑟琳。一夜之间，太后突如其来地从长久以来的强敌手中解放出来了。她开始听到这消息的时候一定难以置信——卑鄙的、恶毒的、凶残的吉斯公爵竟然死了！就在奥尔良陷落前一刻死了！就在天主教军大获全胜之前死了！最重要的是，就在他要篡夺自己位子，准备将自己扔到佛罗伦萨的修道院之前，死了！这是凯瑟琳第一次体会到政治暗杀的威力，从此对暗杀手段大为欣赏。

此刻，天主教势力群龙无首，安托瓦内安眠地下，孔代亲王束手就擒，太后很快夺回了自己的权力。她现在明白，她和儿子要谨慎地对待天主教；否则，法国绝不会听她的话，而且，如果菲利普二世知道她信仰动摇的话，西班牙干涉甚至进攻的后果也十分严重。从此以后，终凯瑟琳统治时期，始终没有信息表示王室皈依新教——凯瑟琳不再雇用胡格诺派人士充当家教，手下也没有新教大臣，宫廷中不得举行新教布道。当然，所有人都要定期参加弥撒。

尽管如此，那些顺从温和的胡格诺派依然是太后政治同盟的第一选择。凯瑟琳记性很好，知道吉斯家族及其拥趸都曾经蔑视自己，曾经传播自己的流言（她亲眼得见），也乐见凯瑟琳遭到流放，甚至死亡。如果凯瑟琳希望长久统治，就必须对天主教阵营加以限制。

洛林枢机主教首先受到太后报复，当吉斯公爵遇刺身亡的时候，他正在特伦托（Trent）代表法国参加大公会议。当枢机主教返回法国之时，他在枢密院中已无发言权，不得不退出宫廷。（曾如日中天的吉斯家族的衰败程度，从这件事中可见一斑：洛林枢机主教被草草召来为次年四旬节作布道，当他到达宫中，发现自己的座位上有一大摊粪便。枢机主教明白意思，匆匆退出。）尽管凯瑟琳写信安慰吉斯家族一派的成员，又赞赏为国捐躯的吉斯公爵，而且代表公爵遗孀将公爵的一切头衔荣誉都转赠给自己的长子，但是她并没有答应吉斯家族的要求，追究科利尼的责任。吉斯家族心怀不满，却只能看到波特洛特公开受刑：他受到烧红的火棍炮烙，最后被五匹骏马分尸——这是对叛逆者的标准刑法，但很不幸，这并不能平息吉斯家族复仇的怒火。1563年3月19日，公爵不幸遇刺的次日，本以为已经胜券在握的天主教徒再次感到失望而愤怒，因为凯瑟琳会见了新旧教两方代表：孔代亲王代表胡格诺派，而其担任治安官的年长叔叔则代表天主教徒，凯瑟琳希望双方达成和约，并在一定限制条件下恢复其签署的宽容法令。自然，这次妥协令双方都感到不满，新教徒也对新的限制条件感到不安。[20]太后为了安抚双方，采用了弗朗索瓦一世的一贯做法——太后事事效仿弗朗索瓦，对他无节制的游荡和奢侈的娱乐活动印象深刻。她告诉儿子：“你祖父常常告诉我，要是想在法国安居，并且得到人民的爱戴，两件事情必不可少：（用庆典和聚会）取悦他们，并用运动消耗他们的精力。”凯瑟琳遵从这位贤人的忠告，安排了一场小型的节日。